Premda nisu poznavali činove u današnjem smislu riječi, Templari, odnosno vitezovi hrama imali su jasno određenu, gotovo posve vojnu hijerarhiju. Ta je organizacijska struktura bila određena bulom pape Aleksandra III. pod nazivom Omne datum optimum, izdanom godine 1163. Glavom reda postao je veliki meštar jeruzalemskoga Hrama. Njegova je riječ bila odlučujuća, ali ne i konačna, jer se prilikom rješavanja bitnih pitanja kao što su objave rata, ili potpisivanje primirja, moralo sastati veliko vijeće zvano kapitul.
Veliki je meštar stolovao u Jeruzalemu u Vrhovnoj kući Reda, odnosno u Salamonovu hramu. Istodobno je morao nositi i štap i bič: štap da bi njime podupirao slabe, a bič, da njime kazni one koji su počinili kakav grijeh, ili zastranili. Na raspolaganju su mu bila četiri obična konja, i jedan posebni, određen samo za boj. Najbliži pomoćnici bila su mu dvojica vitezova, jedan klerik, jedan štitonoša, jedan saracenski tajni pisar (pod tim se nazivom ponajčešće krio prevoditelj), jedan turcoplier (časnik lake konjice), te kovač, kuhar i dvojica slugu iz redova pješaštva. Tijekom kakva vojna pohoda ili putovanja, stanovao bi u velikom okruglom šatoru, a njegovu nazočnost uvijek bi označavala zastava zvana Beau Séant, glasoviti crnobijeli stijeg Reda na kojem se isticao križ crvene boje.
Prvi mu je podređeni bio senešal, odnosno zamjenik velikog meštra. I on je mogao nazočiti svima, pa i najtajnijim sastancima Velikoga vijeća, a kad je putovao, imao je ista prava i iste oznake kao i Veliki meštar. Na trećem je mjestu bio maršal, nositelj najviše vojne vlasti, nadležan za oružje i konje. Vrhovni vojni zapovjednici u pojedinoj pokrajini bili su pokrajinski maršali, a magistar (upravitelj) Jeruzalemskog kraljevstva istodobno je bio i rizničar Hrama, zadužen za neposredno upravljanje imovinom svoje pokrajine, te smještaj braće i brodovlja.
Magistar grada Jeruzalema bio je zadužen za obavljanje izvorne misije templarskoga reda: trebao se brinuti za sigurnost hodočasnika i osigurati im hranu i konje za prijevoz. U tome su mu pomagali desetorica vitezova i posebni stražari.
Drapier (suknar) skrbio je o odjeći, a među nižim položajima, spomenuti valja preceptore, odnosno upravitelje pojedinih kuća koje su bile templarska sjedišta, podmaršale, štitonoše i stjegonoše.