Zastava pukovnije ima crno zastavno polje s crvenim kvadratom u svakom kutu s bijelim obrubom s unutarnjih strana i žutim oko cijelog crnog polja. U sredini je crna ovalna našivka na koju je otisnut zlatnožuto obrubljen ovalni znak, u kojemu je duž unutarnjeg ruba u luku gore ispisano DOMOBRANSKA PUKOVNIJA, a dolje SPLIT. Natpisi su s obje strane odvojeni zlatnožutim tropletom, a u sredini bijelim tiskom grb grada Splita. U pravokutnom štitu uokvirenom pravokutnicima prikazano je sjeverno pročelje Dioklecijanove palače, sa srednjovjekovnim izgledom. U sredini iznad palače izdiže se zvonik prvostolne crkve sv. Dujma. U gornjim kutovima štita nalaze se dva grba u poluokruglim štitovima: lijevo "šahirana" crvena i bijela polja, a desno prikaz sv. Dujma. Iznad splitskog grba je zlatnožuta brojka 6, a ispod su inicijali HV. Veličina zastave je oko 80×160 cm. Zastavni rukav izrađen je od crne tkanine, a zastava nema ukrasnih resa. Izrađena je 1992. ili 1993.

Središnji dio znaka je grb grada Splita, koji u svojoj osnovi potječe iz XIV. stoljeća, a u ovom obliku upotrebljava se od 1991.

Znak u obliku nadlaktične našivke izrađen je u Splitu 1993. (Hrvatsko vojno znakovlje 3, str. 117-118), a izrađivana je i zastavica jednakog temeljnog dizajna kao i zastava pukovnije (hrvatske ratne i vojne zastavice, str. 403). Nova zastava, koja je prilično vjerna replika ratne zastave (osim po dimenzijama koje su tada standardizirane na 1×2 m), izrađena je 2006. u povodu proslave 15. obljetnice OSRH, u dva primjerka, koji se čuvaju u Vojnom muzeju i u GSOSRH, a služe za potrebe vojnog ceremonijala umjesto ove nenadoknadive originalne ratne zastave koja se čuva u Vojnom muzeju.