Za poznavanje tijeka bitke dragocjeni su tekstovi iz hrama u Karnaku. Prema njima, Tutmozis III. je skupio vojsku od 10 000 do 20 000 ljudi zajedno s velikim brojem kočija. Marširali su s prekidima dok nisu stigli do grada Jehema.

Dok su Egipćani okupljali svoje snage, kralj Kadeša okuplja mnogo plemenskih starješina iz Sirije, Arama i Kanaana, ulazi u Megido i smješta svoje snage kod pitke vode kraj obližnjeg Taanaka. Očekivao je da će njegov neprijatelj napredovati glavnim putom iz Egipta u Mezopotamiju.

Stigavši do Jehema, Tutmozis III. šalje izvidnicu. Kako bi nastavili prema sjeveru, Egipćani su morali proći preko grebena planine Karmel. Iza njega nalazio se grad Megido s utvrdom, gdje su se sada okupljale pobunjene snage. Ukupno su postojale tri rute iz pravca Jehema prema Megidu. Sjeverna i južna ruta pružale su sigurniji pristup, a srednja je bila direktna, ali i riskantnija. Ona je slijedila prirodni klanac Arunu, kroz koji su trupe mogle napredovati samo u jednoj koloni, "tako da konj mora slijediti konja, a čovjek čovjeka". Naravno, u slučaju da neprijatelj bude spreman na tu varijantu, Egipćani bi riskirali potpuni poraz. Dobivši svježe informacije od svojih izvidnika, Tutmozis neočekivano odlučuje usmjeriti trupe upravo najtežim, direktnim putom prema Megidu.

Faraonovo kockanje

Prednost srednjeg puta značila je da će egipatska vojska moći izići na čisti teren na udaljenosti manjoj od oko kilometra od grada Megida. Isto tako, zapovjednici kanaanske koalicije su, izgleda, zaboravili glavne vrline egipatskih kočija. One su bile lagane, zbog čega je bilo moguće prenijeti ih kroz prolaz, a konje voditi odvojeno. Usto, Tutmozis III. i njegovi generali morali su znati, zahvaljujući izviđanju, da su koalicijske snage, a osobito njihove kočije, bile razmještene tako da pokriju sve prilaze koji su vodili lakšim putom do Megida, osobito onim iz Taanaka. Da je faraon kojim slučajem odabrao te dvije rute, egipatsku vojsku bi dočekale kanaanske trupe koje bi joj nanijele gubitke i prije nego što bi ona razvila svoje borbene redove. Dakle, kralj Kadeša je ostavio velike pješačke postrojbe da čuvaju dvije moguće staze, ali je zanemario prirodni planinski prolaz.

Ne naišavši na otpor, faraon s vojskom stiže do rijeke Qinah južno od Megida. Taj dio hodnje trajao je tri dana. Egipćani su potrošili dva dana kako bi se približili cesti kod Arune, napredujući kroz planine, da bi konačno dostigli cilj u ranim satima trećega dana. Trebalo im je još dodatnih 12 sati kako bi se cijela vojska okupila kod ceste nedaleko od Arune. Tek kasno navečer egipatska vojska podiže logor u ravnici. Isplatilo se faraonovo kockanje jer je postignuto taktičko iznenađenje. Sada je egipatska vojska imala čisti put prema Megidu jer se velik dio pobunjeničke vojske nalazio daleko na sjeveru i na jugu. Egipćani su se odmarali tijekom noći, iako možda ne najbolje. Naime, iz tekstova znamo da je Tutmozis III. sumnjao u mogućnost noćnoga napada pa je savjetovao svojim ljudima da budu nepokolebljivi i budni. To je trebala biti prva veća bitka u kojoj je taj faraon imao vrhovno zapovjedništvo, a njegova vojska nije sudjelovala u većem okršaju nekih 20 godina. Stoga je vjerojatno da njegovi vojnici nisu mirno proveli noć. U slučaju da idućega jutra bitka krene loše po njih, Egipćani nisu mogli ni pomišljati na brzopleto povlačenje jer se iza njih nalazio teško prohodni prolaz Aruna. Dakle, moguće je da egipatski vojnici nisu bili toliko ispunjeni samopouzdanjem kako impliciraju kasniji hijeroglifski natpisi.

Propuštena prilika

U pljački neprijateljskog logora Egipćani su zaplijenili 924 kočije i 200 oklopnih oprema za vojnike. No, velik broj neprijatelja, uključujući kraljeve Kadeša i Megida, također se uspio domoći Megida. Tako su Egipćani izgubili priliku da brzo zauzmu grad.

Grad je opsjedan sedam mjeseci, ali kralj Kadeša uspijeva pobjeći. Tutmozis naređuje izgradnju dodatnih opsadnih sprava i čvršće opkoljavanje grada. Na kraju, branitelji su prisiljeni na predaju bez pomoći izvana. U Karnaku je zabilježeno da nad stanovnicima Megida nije izvršena odmazda, ali je pobjednička vojska povela kući 340 zarobljenika, 2041 kobilu, 191 ždrijebe, 6 pastuha, 924 kočije, 200 oklopnih oprema, 502 luka, 1929 grla stoke, 22 500 ovaca i kraljevski oklop, kočiju i šator kralja Megida. Uskoro su bili osvojeni i drugi gradovi pa je egipatska vlast na tom području ponovno uspostavljena.