Sredinom XX. stoljeća režim Antonia Salazara u Portugalu je odbijao povlačenje iz svojih kolonija, pa je veliki val dekolonizacije u svijetu s početka šezdesetih godina potpuno zaobišao portugalske kolonije. No, takva politika Lisabona rezultirala je nizom protukolonijalnih ustanaka u Angoli, Gvineji Bisao i Mozambiku. Istočni Timor je bio pošteđen oružanog bunta, premda je na otoku postojao nacionalistički pokret koji je tražio kraj kolonijalne vladavine. Nakon Salazarove smrti u travnju 1974. u Portugalu je uslijedio vojni udar demokratskog krila oružanih snaga koji je ubrzo doveo do obnove demokracije u zemlji. Demokratski proces u matici odrazio se i na politiku prema kolonijama, pa je Portugal sljedeće godine počeo napuštati svoje kolonije.

Odlazak Portugala

Zbog zauzetosti zbivanjima u Angoli i Mozambiku, Portugal je 1975. napustio Istočni Timor. Suočeni s iznenadnim nestankom portugalske vlasti, nekoliko postojećih otočnih političkih pokreta tražilo je ujedinjenje sa zapadnom polovicom otoka, dok je najveći pokret Freitlin (Revolucionarna fronta neovisnog Istočnog Timora) zbog bojazni od susjedne Indonezije zagovarao ostanak u konfederaciji s Portugalom. Političke razlike među istočnotimorskim pokretima su tijekom godine kulminirale izbijanjem oružanih sukoba među njima, u kojima je Freitlin odnio prevagu. U studenome iste godine pokret Freitlin objavio je neovisnost, no nakon samo devet dana Istočni Timor je okupirala indonežanska vojska.

Postignut cilj

Vojno krilo timorskog pokreta Freitlin FALINTIL, koje je činilo dvadesetak tisuća uglavnom loše naoružanih ljudi, od početka je okupacije u nepristupačnim timorskim džunglama pružalo otpor indonežanskoj vojsci. Pomoć su dobivali iz Portugala, zahvaljujući čemu je pokret uspio održati gerilsku aktivnost sve do 1999. Najveće ratne operacije su vođene od prosinca 1975. do 1980., kada je vojska intenzivno izvodila operacije čišćenja diljem otoka. Pokret je pretrpio težak udarac 1978. kada je poginuo prvi zapovjednik Nicolau Lobato, nakon čega na čelo pokreta dolazi današnji premijer Xanana Gusmao.

Nakon silaska Suharta s vlasti 1998., Indonezija i Portugal postigli su sporazum oko autonomije Istočnog Timora, čime je lokalno stanovništvo dobilo mogućnost samouprave na području vanjskih poslova i obrane. Dogovor je istodobno bio i najvažniji korak naprijed u odnosima Indonezije i Portugala nakon dva desetljeća napetosti. U kolovozu 1999. je u Istočnom Timoru pod supervizijom UN-a održan referendum o budućnosti područja, na kojemu se apsolutna većina birača opredijelila za neovisnost. No sama najava održavanja i rezultati referenduma pokrenuli su novi val nasilja proindonežanskih milicija koje je podržavala vojska te val napada na zagovornike samostalnosti Istočnog Timora u kojemu je ubijeno oko 2 000 ljudi. Međunarodna zajednica je uspostavila vojnu misiju INTERFET, s deset tisuća vojnika koju je predvodila Australija. Misija je počela krajem rujna 1999. i trajala do veljače 2002., kada je vlast prenesena na UN-ovu administraciju. Naposljetku, u svibnju 2002. Istočni Timor je i formalno postao neovisan kao Demokratska Republika Timor Leste.

Procjene broja žrtava tijekom rata za neovisnost kreću se između 133 i 170 tisuća ljudi (od ukupne populacije od oko 700 000), premda Jakarta tvrdi kako je dio žrtava izazvala velika glad koja je vladala na otoku tijekom 1978. i 1979. Humanitarne organizacije smatraju kako je ubijeno oko 200 000 ljudi, što je gotovo trećina lokalne populacije.